Na drie jaar komen in 1588 enkele inwoners terug naar Aardenburg.

In Sluis heerst de pest.

De sluisvliet ten noorden van Hoekesluis wordt afgedamd om de overstromingen in het gebied te stoppen.

Farnese poogt Sluis in te nemen. Engelse en Zeeuwse oorlogsschepen verschijnen voor het Zwin om de Sluizenaren te steunen.

Op de rechteroever van het Zin wordt fort Ter Hofstede opgericht.

De nieuwe sluis van 1566, bij Sluis gebouwd, dreigt reeds in te vallen.

Daar de watering van Reigaarsvliet erin slaagde om de zeedijken voor Pasen 1589 te dichten, konden ook te Dudzele veel boeren weer ophun hoeve gaan wonen en hun akkers opnieuw bewerken.

Gezien men voorlopig alleen de zuid- of linkerbeuk als bidplaats zou gebruiken, doen enkele boeren van Dudzele op 12 april 1589 een verzoek om hun parochiekerk te mogen bewonen. Sint-Donaas staat toe dat men de kerk van Dudzele als berguimte gebruikte. Maar een paar dagen later krijgen de boeren van Zuienkerke het bevel om hun graan en hun stro uit hun kerk te verwijderen.

De Dudzelenaren kregen het voor elkaar dat er vanaf sinksen 1589 in hun kerk weer missen werden gecelbreerd.

Vermelding dat in Dudzele een klok uit St.-Margriete bij Aardenburg hangt. Waarschijnlijk ter vervanging van klokken die verdwenen tijdens de Godsdienst-oorlogen.

De nieuwe sluis van 1566, bij Sluis gebouwd, dreigt reeds in te vallen.

Langzaam keren de inwoners terug naar Sint-Anna-ter-Muiden. Vanaf 1589 begint het gewone leven zich daar te hernemen.

De St.-Lenaartommegang gaat opnieuw uit in Dudzele.

De percelen van Sint-Donaas in Dudzele brengen in 1590 geen pachtgeld op. Het Vrije laat in mei 1590 de bruggen van de Blankenberges Vaart verschanden en bewaken zodat de boeren van het Noordvrije beter zijn beveiligd tegen de uitvallen van het Oostendse garnizoen. Maar de streek ten westen van de Blankenberges Vaart lag onbeschermd.

Prins Maurits van Nassau verovert in 1590 Breda.

Hulst wordt veroverd door de Staatsen.

Farnese geeft aan iedereen een vergunning om de verlaten gronden zonder pacht te verbouwen.

De zanddijk bij Heille breekt in 1591 door waardoor ook Middelburg (Vl.) en Sint-Laureins worden overstroomd.

De kerkschatten van Hoeke die tijdelijk in de Potterie in Brugge worden bewaard, worden teruggebracht naar Hoeke.

De kerkfabriek van Dudzele koopt 150 bedevaartvaantjes voor de jaarlijkse St.-Lenaartbedevaart

Een vermelding van het oogsten van vlas in Dudzele.

In augustus 1591 komen een opstandig garnizoen binnen Sint-Anna-ter-Muiden en voeren 21 paarden mee naar Vlissingen.

Prins Maurits van Nassau verovert in 1591 Hulst.

Brugge sluit in 1591 en verdrag met de Staten van Zeeland waardoor de handel via het Zwin weer wordt toegelaten.

De zanddijk bij Heille breekt in 1591 door waardoor ook Middelburg (Vl.) en Sint-Laureins worden overstroomd.